我院台湾院前身台湾研究所成立于1980年，属教育部与福建省共建单位，是全国最早成立台湾研究的学术机构，也是目前境内研究台湾的主要机构之一。下设政治、经济、历史、文学、两岸关系5个研究所以及办公室、文献信息中心、军事研究中心、《台湾研究集刊》编辑部。现有编制43名，在岗教授9人，副教授9人。
台湾研究院致力于台湾政治、社会、经济、历史、文学、法律、文化教育以及两岸关系等方面的研究。截止2007年底，全院共出版专著、论文集、资料集等159部，发表论文2198篇。1988年以来，共获得各级优秀科研成果奖152项。由台湾研究院主办的《台湾研究集刊》是全国最早创办的台湾研究学术刊物，在国内外有较大影响。
台湾研究院在进行系统的基础理论研究同时，注重开展现实问题的研究，并承担了大量国家和省部级科研项目以及各级对台工作部门委托的调研课题的研究。2001年，以台湾研究院为母体组建的我院台湾研究中心，入选“教育部人文社会科学重点研究基地”。2004年台湾研究院入选“985工程哲学社会科学国家创新基地”。
台湾研究院自1981年开始，招收中国地方史专业（台湾历史与台湾问题研究方向）研究生。现设有中国近现代史专业（台湾史方向）、区域经济学专业、政治学理论专业、文艺学专业4个博士点，以及专门史专业（台湾历史方向）、区域经济学专业、中外政治制度专业、中国现当代文学专业（台湾文学研究方向）4个硕士点。已
专 门 史
研究方向：台湾历史
硕士生数：4人
培养目标：培养从事台湾历史与台湾现状研究、教学以及涉台部门实际工作的高级专门人才。
主要课程：英语、科学社会主义理论与实践史学方法论、古代台湾史、马列专著选读、近代台湾史、日据时代台湾史、台湾政党研究、台湾史著作选读、当代台湾政治概论、当代台湾经济概论、海峡两岸经贸关系。
适合就业单位：高校、涉台工作部门、调研部门、对台研究机构、国防安全部门、涉外部门、事业单位、企业单位。
中国近现代史
研究方向：台湾史
博士生数：4人
培养目标：培养从事台湾历史与现状以及海峡两岸关系研究、教学、涉台工作部门的高级专门人才。
主要课程：台湾近现代社会与文化、台湾近现代经济。
适合就业单位：高校、对台研究机构、涉台工作部门、涉外部门、调研部门、国防安全部门、事业单位。
区域经济学
研究方向：台湾经济与两岸经贸关系
博士生数：5人
培养目标：培养从事台湾经济与两岸经贸关系研究、教学、涉台工作部门的高级专门人才。
主要课程：区域经济学、发展经济学、台湾经济概论、两岸经贸关系。
适合就业单位：高校、对台研究机构、涉台部门、涉外部门、调研部门、国防安全部门、事业单位。
研究方向：台湾经济
硕士生数：7人
培养目标：培养从事台湾经济和两岸经贸问题研究、教学以及涉台部门实际工作的高级专门人才。
主要课程：英语、科学社会主义理论与实践、马列专著选读、区域经济学原理、发展经济学、台湾经济学、台湾经济、两岸经济合作、亚太经济与区域经济合作、区域经济模型分析、台湾经济史、当代台湾经济概论、台湾财政金融、台湾农业经济、台湾经济法、当代台湾政治概论、近代台湾历史。
适合就业单位：高校、对台研究机构、涉台工作部门、调研部门、国防安全部门、涉外部门、事业单位、企业单位。
中外政治制度
研究方向：1、台湾政治 2、两岸关系 3、涉台外交
硕士生数：3人
培养目标：培养能够灵活运用政治学、国际关系基本理论和方法分析及研究岛内政治及两岸关系问题，熟练掌握对台政策的高级专门人才。
主要课程：比较政治学、比较政治制度、台湾政治概论、台湾政党政治、中国政府与政治。
适合就业单位：对台研究机构、涉台部门、涉外部门、调研部门、国防安全部门事业单位。
中国现当代文学
研究方向：台湾现当代文学
硕士生数：4人
培养目标：培养从事台湾文学文化研究、教学以及涉台部门实际工作的高级专门人才。
主要课程：英语、马克思主义与当代思潮、台湾文学及其研究概要、台湾文学与中国古典文化、中国当代文学思潮、五四时期文学研究、台湾文学焦点问题研究、台湾经典作家研究等。
适合就业单位：高校、对台研究机构、涉台工作部门、调研部门、国防安全部门、涉外部门、事业单位。
